John e Yoko em 1980
John casou-se a primeira vez em 23 de agosto de 1962 com Cynthia Powell. Ela estava grávida e, em 8 de abril de 1963, eles tiveram um filho chamado Julian Lennon (cujo nome de batismo foi John Charles Julian Lennon). No começo do sucesso dos Beatles, orientados pelo empresário Brian Epstein, eles tentaram esconder o fato de John ser casado para não magoar as fãs. Mas este segredo não durou muito tempo.
No dia 9 de novembro de 1966, John conheceu a artista plástica japonesa Yoko Ono. Yoko estava expondo em uma galeria de arte chamada Indica em Londres. Embora Yoko tivesse desde então procurado John várias vezes para pedir financiamento para outra exposição, eles mantinham um distanciamento. Somente em 1968 é que John e Yoko começaram um relacionamento amoroso. Na época, Cynthia estava viajando e quando descobriu o caso do marido pediu divórcio, alegando infidelidade.
Após a separação de John e Cynthia, o caminho ficou aberto para Yoko. John levou-a a gravações do 
Álbum Branco dos Beatles. O clima entre os Beatles já não estava dos melhores e a presença de Yoko elevou o clima pesado, pois Paul McCartney e George Harrison não a viam com bons olhos. A imprensa e os fãs dos Beatles chamavam Yoko de feia, o que fez que John declarasse que ele e ela eram uma pessoa só.
Durante os últimos anos dos Beatles, John e Yoko tornaram-se inseparáveis. Eles apareceram juntos na gravação do Rock and Roll Circus dos Rolling Stones e protestaram juntos contra a guerra do Vietnã. No dia 20 de março de 1969, eles se casaram em Gilbratar e na lua de mel promoveram o famoso 
bed-in. Ainda no mesmo ano, durante as gravações do álbum/filme Let it be, Yoko esteve presente.
Um pouco depois da separação dos Beatles, o casal mudou-se para Nova Iorque e envolveram-se em protestos antiguerras. Em 1973, se separaram e John começou a viver com uma nova mulher, May Pang. Após a reconciliação de John e Yoko, no dia 9 de outubro de 1975, eles tiveram um filho chamado Sean Lennon, (nascido Sean Taro Ono Lennon). John abandonou a carreira para dedicar-se mais ao filho e permaneceu ao lado de Yoko até quando morreu.
Yoko Ono foi e ainda é tachada por muitos fãs dos Beatles como uma das principais causas da separação do grupo. Por outro lado, seus defensores alegam que Yoko é atacada por não fazer parte de uma padrão de beleza ocidental. Argumentam que Yoko estimulou John a ter uma atitude mais preocupada com problemas sociais (guerra, violência, política, etc.), estimulou seu talento artístico para a vanguarda e o levou a viver mais intensamente sua vida privada com o filho e a família. Yoko Ono lançou vários discos durante os anos 1970 e 1980, e é considerada por muitos uma precursora de movimentos artísticos de vanguarda e também na música pop, como 
new wave e o punk. Nos anos 2000, algumas de suas músicas foram remixadas por DJ's e fizeram sucesso nas pistas de dança no mundo todo. Yoko é uma figura polêmica entre os fãs do cantor e músico, mas viveu ao seu lado e o acompanhou até o fim, recebendo inúmeras declarações de amor de John até sua morte.
Carreira solo
Anos 1960
John Lennon e Yoko Ono cantando Give Peace a Chance em Montreal
Junto a Yoko Ono, John começou sua carreira solo mesmo ainda fazendo parte dos Beatles, mas sem muito sucesso. Ele lançou o primeiro álbum, Two Virgins, em novembro de 1968. Two Virgins era um álbum experimental e que trouxe gravações caseiras. A capa do álbum causou polêmica, pois os dois apareceram nus. Um mês antes do lançamento do álbum, eles foram presos pela polícia por porte de drogas.
Após o casamento em Gibraltar, em março de 1969, eles realizaram o primeiro "Bed-in for Peace" no hotel Hilton em Amsterdam, nos Países Baixos. "Bed-ins" era conferências de imprensa em favor da paz, realizados em uma cama de hotel. O movimento não foi bem aceito pela imprensa e eles acabaram sendo ridicularizados por ela. Em maio do mesmo ano, lançaram o segundo álbum Life With The Lions e realizaram o segundo "bed-in", em um hotel da cidade de Montreal, Canadá, onde gravaram a canção "
Give Peace a Chance" que se tornaria posteriormente em hino a favor da paz.
Ainda em 69, lançaram o compacto com a canção "Give Peace a Chance". Em outubro, foi a vez do compacto com a canção "Cold Turkey" e em novembro, o álbum chamado Wedding Album. John quis lançar a canção "Cold Turkey" em compacto com os Beatles, mas como eles não estavam dispostos a incluí-la em um compacto, ele a gravou sozinho com Yoko.
John devolveu sua MBE (Membro do Império Britânico) que ele havia recebido da rainha Elizabeth II, no mês de novembro de 1969, em protesto contra o envolvimento britânico na guerra do Biafra e contra o apoio dado aos Estados Unidos na guerra do Vietnã.
Ele foi convidado a participar junto a Yoko Ono do Rock'n Roll Revival Concert de Toronto que contou com a participação, entre outros, de Chuck Berry e Little Richard. O show foi realizado em setembro de 1969, e virou o álbum solo de John, Live Peace in Toronto. A banda que acompanhou John Lennon no show incluiu Eric Clapton na guitarra Klaus Voorman (antigo amigo da época de Hamburgo) no baixo, e Allan White na bateria (integrante da banda de rock Yes).
Anos 1970
Após a separação dos Beatles, Lennon lançou seu álbum John Lennon Plastic Ono Band em dezembro de 1970. Era o primeiro álbum solo oficial depois dos três álbuns experimentais e do álbum ao vivo lançados enquanto ainda estava nos Beatles. Na época, John e Yoko participavam da terapia primal do Dr. Arthur Janov em Los Angeles. Através da terapia, Lennon tentou lidar com seus traumas da infância (abandono, isolamento e morte). De volta a Inglaterra, John chamou o produtor Phil Spector e começou as gravações do álbum. Participaram do álbum o ex-beatle Ringo Starr, além de Billy Preston e Alan White, futuro membro do Yes. John Lennon fala do abandono da mãe e do pai na canção "Mother". Na canção "God" John diz a famosa frase "O sonho acabou" em referência aos Beatles, e afirma ainda não acreditar nos Beatles nem em Jesus.
Em 1971, John atinge o sucesso com o álbum 
Imagine. A faixa-título faz muito sucesso e torna-se um hino da paz no mundo inteiro. Neste álbum, John ataca o ex-parceiro musical, Paul McCartney com a canção "How do you sleep?". Na canção, John acusa Paul de fazer "canção muzak" (canções que são tocadas em elevador) e diz que a única coisa que Paul escreveu bem foi a canção "Yesterday", e que desde que abandonou os Beatles que as suas canções são desinteressantes ("The only thing you done was yesterday and since you're gone you're just another day"). John alegou que Paul sempre o atacava sutilmente em seus discos (Paul admitiu que tinha feito referências a John no disco Ram) e que "How do you sleep?" era uma resposta a essas provocações. Paul, muitos anos depois, responderia aos muitos críticos que o acusavam de fazer "Silly Songs" com a canção "Silly Love Songs". "Jealous Guy" foi originalmente composta por John em 1968, tinha uma letra diferente e se chamava "Child of Nature". Os Beatles até chegaram a ensaiá-la para o álbum duplo The Beatles, mas ela acabou ficando de fora. "Gimme Some Truth" foi gravada com os Beatles durante as sessões de Let it Be, mas também ficou de fora do álbum. George Harrison tocou guitarra na canção "How do you sleep?". Yoko participa do álbum como co-produtora, além de ser co-autora da canção "Oh My Love", uma das mais belas do disco. John viria a dizer, pouco antes de sua morte, que parte da letra de "Imagine" era de Yoko, apesar de ele não haver creditado a parceria à esposa. O álbum atingiu o primeiro lugar nas paradas de sucesso americana e inglesa.
Em 1971 John e Yoko mudaram-se para Nova Iorque, nos Estados Unidos e no ano seguinte realizaram o álbum 
Some Time in New York City, com canções dele e de Yoko. Na época, John recebia em sua casa vários ativistas e criticava a postura política do presidente americano Richard Nixon. Anos mais tarde, o FBI confessou que investigava a vida de John por causa de seu envolvimento político. O álbum também trazia canções de postura anti-racial, contra a brutalidade policial e anti-sexista como na canção "Woman is The Nigger of The World" entre outros temas. A canção chamada "Sunday Bloody Sunday" era em referência ao domingo sangrento acontecido na Irlanda. No álbum foram incluídas algumas gravações ao vivo, uma que trazia John em um show em Londres em 1969 organizado pela Unicef e outro gravado em Fillmore East em 1971 com Frank Zappa e The Mothers of Invention.
Em 1973 John lançou o álbum 
Mind Games que marca o iníco de sua separação de Yoko Ono, por iniciativa dela. John mudou para Los Angeles e teve um caso com uma assistente, May Pang. Nesta época ele afundou no uso do álcool e por várias vezes se envolveu em brigas e confusões. Um de seus mais frequentes companheiros de farra era o cantor Harry Nilsson, de quem ele produziu o disco Pussy Cats. Mantinha sempre contato com Yoko e queria voltar para Nova Iorque, mas a esposa dizia ainda não ser o momento.
Em 1974, John ainda com May Pang, passou a maior parte do tempo em bebedeiras com amigos como Ringo Starr, Harry Nilsson e Keith Moon. Lançou neste ano o álbum 
Walls And Bridges. Alcançou sucesso com as canções "#9Dream" e "Whatever Gets You Thru The Night", esta, com a participação de Elton John no piano e vocalização. Um mês após o lançamento do álbum, ele participou do show de Elton John no Madison Square Garden na cidade de Nova Iorque. E pouco tempo depois, voltou a viver com Yoko Ono, largando May Pang. Vários anos após a morte de John Lennon, Yoko apagaria a voz de May que aparecia no coro de "#9 Dream".
No ano seguinte, John lançou o álbum Rock and Roll, que apresentava suas versões covers para rock antigos que ouvia na sua adolescência. Conseguiu fazer sucesso com a canção "Stand by Me" composição de Jerry Leiber, Mike Stoller e Ben E. King.
Na época da gravação do álbum Rock'n Roll, Yoko engravidou de John Lennon e após o nascimento do seu filho, Sean, John abandonou a carreira para se dedicar ao filho e a família. Ainda em 1975, John ganhou o Green card americano, o que lhe deu direito de permanecer morando nos Estados Unidos, mesmo sendo estrangeiro.
Após cinco anos de reclusão, em 1980, John Lennon voltou a gravar um novo álbum, Double Fantasy. Durante este período de reclusão, John gravou alguma coisa em sua casa e compôs algumas canções. O álbum foi dividido entre canções de Lennon e Yoko. Em "(Just Like)Starting Over", John faz referências à sua volta. "Starting Over" e "Woman" atingiram o primeiro lugar nas paradas de sucesso. Ainda fizeram sucesso "Watching the Wheels" e "Beautiful Boy", sucesso que foi impulsionado pela morte de John Lennon.
Morte
 
Na noite de 8 de dezembro de 1980, quando voltava para o apartamento onde morava em Nova Iorque, no edifício Dakota, em frente ao Central Park, John foi abordado por um rapaz que durante o dia havia lhe pedido um autógrafo em um LP Double Fantasy em frente ao Dakota. O rapaz era Mark David Chapman, um fã dos Beatles e de John, que acabou disparando 5 tiros com revólver calibre 38, os quais 4 acertaram em John Lennon. A polícia chegou minutos depois e levou John na própria viatura para o hospital. O assassino permaneceu no local com um livro nas mãos, O Apanhador no Campo de Centeio de J.D. Salinger. John morreu após perder cerca de 80% de seu sangue, aos quarenta anos de idade. Logo após a notícia da morte de John Lennon, que correu o mundo, uma multidão se juntou em frente ao Dakota, com velas e cantando canções de John e dos Beatles. O corpo de John foi cremado no Ferncliff Cemetery, em Hartsdale, cidade do estado de Nova Iorque, e suas cinzas foram guardadas por Yoko Ono.
O assassino foi preso, pois permaneceu no local, esperando os policiais chegarem. Ao entrar na viatura, pediu desculpas aos policiais pelo "transtorno que havia causado". Em seu julgamento alegou ter lido em "O apanhador no Campo de Centeio" uma mensagem que dizia para matar John Lennon. Acabou sendo condenado à prisão perpétua e até hoje é mantido numa cela separada de outros presos, devido às ameaças de morte que recebeu. Segundo Chapman, o motivo do crime foram declarações de Lennon consideradas por Chapman como blasfêmia
 , como se declarar mais popular que Cristo e dizer em suas letras de músicas coisas como não acreditar em Jesus e dizer que todos imaginassem que os céus, em sentido espiritual, não existissem.
Após a morte de John, foi criado um memorial chamado Strawberry Fields Forever no Central Park, em frente ao Dakota. Alguns discos póstumos foram lançados, como Milk and Honey, com sobras de canções do disco Double Fantasy. Várias coletâneas e um disco chamado Accoustic foram lançados em 2005. Yoko Onoadministra tudo o que se refere a John Lennon, suas canções em carreira solo, seus vídeos e filmes.
Uma das últimas fotos de John Lennon vivo, feita pelo fotógrafo amador Paul Goresh, exibe Lennon autografando o álbum Double Fantasy para seu futuro assassino. A última fotografia de John Lennon vivo, também tirada por Paul Goresh, mostra o músico de perfil enquanto entra em sua limosine. A narrativa oficial corroborada por estudiosos dos Beatles é contestada por outros admiradores da banda que apontam algumas inconsistências como o fato de o suposto assassino não ter tentado escapar logo após a tragédia bem como o fato de o corpo ter sido cremado a mando da viúva Yoko Ono.
Estilo de vida e controvérsias
Polêmica
No dia 4 de março de 1966, durante uma entrevista de John Lennon para o London Evening Standard, feita pela jornalista Maureen Cleave, trouxe muita polêmica a respeito do Cristianismo. John disse: "O Cristianismo vai desaparecer. Vai diminuir e encolher. (...) Nós, Beatles, somos mais populares do que Jesus neste momento. Não sei qual vai desaparecer primeiro - o rock and roll ou o Cristianismo. Cristo não era mau, mas os seus discípulos eram obtusos e vulgares. É a distorção deles, que estraga o Cristianismo para mim."
Ao ser publicada nos Estados Unidos, a entrevista causou polêmica. O cinturão bíblico norte-americano reagiu queimando os álbuns dos Beatles em praça pública. Várias estações de rádio baniram as canções dos Beatles.
Em 18 de agosto do mesmo ano, John Lennon deu uma conferência a imprensa em Chicago dizendo: "Se tivesse dito que a televisão era mais popular do que Jesus, ninguém teria ligado.[...] Não sou anti-Deus, anti-Cristo ou anti-religião. [...] Não estou dizendo que sejamos melhores ou maiores, ou a comparar-nos a Jesus Cristo como pessoa ou Deus ou seja o que for. Disse o que disse e estava errado - ou fui interpretado erroneamente." Depois de passados 42 anos de sua afirmação, Lennon foi perdoado pelo papa Bento XVI em 
2008.13 14
Ativismo político
Documentos da Investigacao de John Lennon pelo COINTELPRO -programa clandestino e ilegal do FBI
A gravação da canção "Give Peace a Chance" em 1969 contra a Guerra do Vietnã marca a transformação de Lennon em um ativista antiguerra. Foi o começo de um processo que culminou em 1972, quando a administração do presidente norte-americano Richard Nixon tentou deportá-lo dos Estados Unidos.
Quando John Lennon e Yoko Ono mudaram-se para Nova Iorque em agosto de 1971, eles se tornaram amigos de líderes antiguerras como Jerry Rubin, Abbie Hoffman, e outros, e planejaram um concerto nacional para que coincidisse com a eleição presidencial de 1972. John Lennon tentaria convencer aos jovens a votar contra a guerra, ou seja, a votar contra Nixon.
O governo Nixon começou a investigar John Lennon com a finalidade de deportá-lo. O concerto nunca aconteceu, mas John passou, na época, boa parte de seu tempo tentando livrar-se da deportação.
Em 1971, John Lennon cantou no concerto Free John Sinclair em Ann Arbor. Sinclair era um ativista antiguerra preso por dez anos por portar dois cigarros de maconha. John Lennon e Yoko Ono apareceram no concerto assim como Stevie Wonder e outros músicos, mais os ativistas radicais Jerry Rubin e Bobby Seale dos Panteras Negras.
Em 1972, John deu entrevista ao Mike Douglas Show, falando contra a Guerra do Vietnã. Nixon deixou a Casa Branca após o escândalo de Watergate. Em 1975, John Lennon conseguiu finalmente seu 
green card. Após sua morte em 1980, o FBI admitiu tê-lo investigado. Lennon foi uma das vitimas do programa COINTELPRO de Edgar Hoover
Biografia polêmica
Philip Norman escreveu a biografia: John Lennon - A Vida, O livro mostra um sujeito inseguro, às vezes violento e venenoso, além de criativo, talentoso, bondoso e corajoso.